美国加紧反恐怖行动的同时，中国也大大加强了国内的安全防范措施，从针对新疆穆斯林的控制到调兵遣将增强边防力量，局面也颇为紧张。
*新疆人在上海到处碰壁*
九月十一号在美国发生的恐怖袭击事件对中国新疆的穆斯林来说带来了不少麻烦。身在新疆以外中国其它城市的新疆维吾尔族人的境遇变得相当糟糕。比如说上海，旅馆业普遍加强了安全措施，来自新疆的人在登记住宿的时候很容易遭到拒绝。据《纽约时报报》道， 引用一名叫作阿布杜拉．普尔的新疆人的话说，旅馆一知道我从新疆来就让我走开。他找了好几家旅馆都吃了闭门羹。
报道说，上海浙江路是穆斯林集中的地方。那里有一家专门为维吾尔人开的旅馆已经关闭了。反恐怖行动开始以来的一个月里，上海的维吾尔人大大减少。报道说，上海现在的新疆维吾尔人可能不到一千人。那些被查出来没有临时居住许可新疆人都被强行送上火车送回新疆了。也有一些人被送往徐州的劳教所。
*维吾尔分离势力得到塔利班支持*
中国当局加强对维吾尔人的监督和控制主要是担心跟阿富汗和中亚地区穆斯林关系密切的新疆的分离主义势力会扰乱国内的秩序。中国境内有大约8百万维吾尔人，他们大多数属于伊斯兰的逊尼派，阿富汗的塔里班也是逊尼派。不过维吾尔所信奉的不象塔里班那么极端，而是属于容忍程度较高的一支。
《纽约时报》引用中国社会科学院世界宗教研究所研究员王建平的话说，维吾尔分离势力得到中亚激进伊斯兰组织在道义上的支持，有些人可能还接受过塔利班的训练。因为反塔利班的阿富汗北方联盟曾经抓住一些为塔利班效力的新疆维吾尔人士兵。
*一劳永逸地解决疆独问题*
不过，主张新疆独立的人士指出，北京这次支持美国打击恐怖主义的努力主要是希望得到国际支持，一劳永逸地解决新疆维吾尔分离主义的问题。报道引用东土耳其斯坦共和国运动的前领导人约瑟夫．阿尔普特金儿子艾尔金．阿尔普特金的话说：“中国要利用反恐怖斗争这个招牌，来把那些被当局认为的危险分子圈禁起来。”他说，对维吾尔人的镇压是没有根据的，因为支持维吾尔独立的主要人物都反对暴力。”
*解放军野战师开往中阿边境*
另据报道，中国在加强对新疆维吾尔人的控制的同时也加强了中国和阿富汗接壤的边防部署。据《明报》报道，最近中国军方往南疆与阿富汗、巴基斯坦接壤地区增派了几个师的野战部队。中阿边界小镇塔什布尔干镇已经成为目前最为敏感的地区。军方领导人聚集到那里进行部署，目的是防止恐怖分子头子本拉登和阿富汗难民进入。
中阿边界全长92公里，位于帕米尔高原，空气稀薄、风沙滚滚。当局认为，美国对阿富汗塔里班开战之后大批难民涌入中国的可能性不大。而且边界阿富汗一侧基本由反塔里班的北方联盟控制，本拉登由此进入中国的可能性也很小。
