九一一恐怖袭击发生后，中国加紧了对新疆维吾尔族的控制。中国政府还要求新疆的穆斯林学生，在拉马丹斋月期间不得斋戒。尽管中国政府一直把镇压新疆穆斯林的行动说成是打击国际恐怖主义的一部份，但是并没有得到国际支持。
外电普遍报道，北京政府最近几个月加强了对新疆穆斯林的控制。法新社引述设在德国的东土耳其斯坦信息中心消息来源说，九一一袭击事件发生后，新疆已经有三千多名维吾尔人被抓，很多只不过是因为表露了对中国政府的不满。该信息中心的发言人说， 新疆眼下的民族关系很紧张。有些被抓的是旅行社工作者，被发现和外国人接触；而外国游客和当地穆斯林接触也会受到盘查和审问。
另外，中国国内和海外消息来源还说，中国政府禁止新疆学校的学生在拉马丹斋月里，按照伊斯兰教的规定，在日出到日落之间斋戒。新疆西部一所师范学校的员工告诉法新社说，学校往年也禁止斋戒，但是今年压力更大。他说，学校不让学生在早上四点半到五点半之间开灯，让学生没办法在日出前吃饱肚子。
另一方面，据香港南华早报等消息来源报道，联合国人权专员罗宾逊女士刚刚结束对中国的访问， 中国一家法院就判处四个新疆人死刑，其中两人立即执行。还有二十四人被判处五到二十年徒刑。警方说被处决的人犯了杀人罪或是抢劫罪，但是当地警察证实说，被判死缓的其中一人是分裂分子，计划进行炸弹袭击。人权团体说，另外二十四个被判刑的人的罪名包括印刷和分发传单，主张建立独立的穆斯林国家。
美国发生九一一恐怖袭击后，中国政府一改以往强调新疆稳定的做法，转而说�东突�独立势力也是国际恐怖主义的一部份，也应该是国际社会的打击对象。外交部发言人朱邦造日前第一次明确表示，新疆维吾尔分裂分子从 1992 年以来进行了至少四次袭击行动，最近三年还先后三次对海外的中国官员发动袭击。朱邦造还说，阿富汗、中亚和新疆境内共有十个团体，这些团体都是为了推翻中国的统治。
中国外交部长唐家璇在联合国大会上强调说，中国也受到恐怖主义的威胁，东突的恐怖分子从国际恐怖集团得到培训、装备和经济支持。中国国家副总理钱其琛也告诉来访的联合国人权专员罗宾逊女士说，大约一千名维吾尔人曾在阿富汗的恐怖主义训练营地接受训练。
尽管中国一再努力把新疆镇压分离主义和美国领导的反恐斗争联系在一起，但至今尚未得到明确的国际支持。美国总统布什访华期间说，任何国家都不能把打击恐怖主义做为镇压少数民族的借口。联合国人权专员罗宾逊女士也说，国际反恐怖主义战斗开始后，有关歧视维吾尔人的报道也有增加，联合国对此表示关注。
