台湾外交部表示，护照封面加注台湾发行并没有违反国际惯例。但是此举不仅引起在野党的反弹，也引发独派团体的不满。
针对外界对护照封面加注台湾英文字样的质疑，台湾外交部领事事务局局长詹宪卿15号表示，这是争议最小也最温和的方案，不过他也强调台湾是全世界唯一在护照封面出现在某地区发行字样的地方，但是这是主权国家行使应有的权利：“我们坚守国际通例，国号不变，国徽不变，然后护照底下加上 issued in Taiwan.”
詹宪卿进一步指出，在领务局广泛收集国际间流通护照样本后发现，护照封面加注的事实确实存在，例如英国在加入欧盟后发行的护照，就在欧盟英文字样下加注英国护照，标明为欧盟区居住的英国人。
*独派团体并不支持*
台湾在野党认为台湾字样加注在护照内页即可，不必印在封面，不过詹宪卿说，欧洲国家在面临严重大陆非法移民情形后，展开加强审核旅行文件的工作，有部份台湾人因此受到了误解和不合理待遇，并在感受不佳的情况下向外交部反应。基于便民考量，外交部在经过一年多研究后才决定现行最后方案，也获得大多数民众的支持。他说：“虽然内页加注能解决问题，但是不能很明白迅速的来辨出这是台湾的护照，因为这个因素，我们才放弃内页加注的考虑。”
尽管陈水扁是在台独色彩浓厚的台湾人公共事务大会上宣布护照加印台湾的消息，但是这项做法并没有获得独派团体的支持，台湾独立建国联盟秘书长李胜雄表示，护照上加印台湾发行字样，这无异是将台湾矮化成中国的一部份，因此他认为，应该将台湾字样放在护照正中间，并去掉原本中间的国民党党徽图案。独派团体并表示，他们会继续透过总统府资政及国策顾问，和陈水扁总统就这个问题进行沟通。
至于护照加注台湾引发在野党强烈反弹，陈水扁总统15号答覆媒体询问时表示，时间久了，在野党就会习惯了，在媒体询问陈水扁对外交部决定封面加印台湾发行用语看法时，陈水扁并未多说，只说很好，很好。
行政院正式核定护照上将加注台湾，总统府资政姚嘉文表示，加注方式与他原先想法是有出入，但是他否认此事和推动改国号有关，强调在护照上加注台湾是因应实际需要，改国号不是那么容易的事，目前台湾社会也还没有一个共识，而现在大家都在拼经济，不必把改国号的事排在前面推动。姚嘉文表示，民进党党纲很清楚，台湾要透过公民投票制定一套适合台湾的宪法，用台湾共和国的名称，但如何推动没有时间表，要看台湾社会接受的程度再说。
