台湾当局继续在澎湖附近海域搜寻华航空难遗体和飞机残骸，而中国大陆方面则表示全力协助，双方在海峡中线以及交接问题上均有协调和默契。
台湾军方星期二证实，台北方面早在星期日就已经向大陆提出协助请求，而大陆方面也派船支援，但是答应不进入台湾控制水域。台湾国防部官员、海军少将蒋海安说：“在26号下午1点35分的时候，民航局管制中心通知，因为受到洋流影响，飞机的残骸部份会漂流过海峡中线，我们也已经协调大陆海协会派遣救难船两艘，沿着大陆的东南沿岸来搜寻，并且允诺不进入到我们规划的搜救区域执行任务。”
台湾方面规划了四大搜救区域，其中两处越过了中线。想象中的海峡中线是双方事实上的军事分界线。出于人道主义考量，大陆方面并不阻碍台湾救援船只越界。一位台湾国防部官员对记者表示，所谓海峡中线是军事意义上的警戒线，即使在以往双方也有默契，不会拦阻人道性质的越界行动。
*海协会海基会频繁接触*
不过，台湾方面为了避免“不必要的困扰”，由具有水上警察性质的海巡署负责中线以西的搜寻以及和大陆船只的接触，海军并不直接出面。蒋海安少将说：“在5月26号下午1点40分的时候，我们的总长李一级上将就曾指示，协调海巡署派船配合海峡中线以西的搜寻区域的搜救任务。如果大陆方面搜获到相关的遗骸或是飞机组件，为了避免不必要的困扰，这个接驳的工作交由海巡署的舰艇来担负。”
到目前为止，大陆船只已经帮助台湾打捞出一具遗体和十余件飞机残骸。近年来关系冷淡的两岸半官方对话机构大陆“海协会”和台湾“海基会”，也因为这次空难事件而频频接触。“海协会”副秘书长李亚飞说：“国务院台办、海峡两岸关系协会、相关部门的工作人员一直在昼夜工作，通过各种渠道，同台湾有关方面取得联系，然后随时关注着搜救和善后工作的进展情况。”
*陆委会非常感谢大陆善意*
台湾“海基会”帮助大陆遇难乘客的家属前来台湾善后。已经联系好的35名家属全部抵达。在225名葬身大海的乘客和机组人员当中，有9名大陆公民，包括带着婴儿回娘家的“大陆新娘”。台湾陆委会和“海基会”都表示，要为大陆遇难者的亲属提供“最大的方便”。
官方控制的大陆媒体对台湾“华航”空难进行了广泛报导。中国国家主席江泽民星期一对空难事故表示高度关切，对“不幸罹难的 台湾同胞、香港同胞和祖国大陆同胞以及其他罹难者表示沉痛哀悼”，要求大陆各有关方面继续全力协助搜救，并协助做好善后工作。
台湾陆委会主委蔡英文对大陆方面在第一时间就表达协助的意愿表示非常感谢。陆委会副主委陈明通星期一接受采访时说，两岸在空难事件中的互动是出于人道主义考量。台湾官员表示，空难事件是一次“个案”，未来两岸的协商和互动是否会因此产生良性突破，还有待观察。
