中国国务院台办星期三再度公开批评陈水扁执政两年来的表现，并表示陈水扁一直不愿接受一个中国的原则，搞渐进式台独，令中国方面感到失望。台湾学者对陈水扁上任后在两岸关系方面的政策表现，也提出了批评。台湾大学政治系教授明居正表示，陈水扁缺乏对两岸关系的长程战略构想，通常是基于选举考量和外界压力被动做出回应，见招拆招，而民进党内也没有共识，因此陈水扁在两岸政策上的立场也是摇摆不定的。明居正教授认为，陈水扁不一定是在搞渐进式台独，而是在不断试探台湾国内政治风向和大陆方面的政治情势来订定短期的政策。在另一方面，大陆方面通常都把事情过于简单化，倾向于以民族主义的角度来看待两岸关系，动不动就以“台独”来批判台湾政治人物的行为。北京和民进党在缺乏接触和互信的基础下，两岸关系陷入僵局是必然的结果。
明居正教授也指出，两岸关系可能有所突破的时机应该是在明年下半年，陈水扁可能基于选举考量，在明年人大改选之后，台湾总统大选之前，开始和大陆方面进行三通问题的谈判，以回应大陆和台湾内部的压力。明居正教授认为，两岸关系的发展和陈水扁的施政表现都不是决定下一届台湾总统大选的主要因素，主要的关键是国民党和亲民党所组成的“泛蓝军”是否 能整合成功，如果泛蓝军分裂，尽管陈水扁的政绩不尽理想，他还是有可能当选。因此总体看来，两岸关系在未来两年的发展仍然充满不确定的因素。
