去年911事件发生后至今，东南亚国家仍然面临恐怖威胁。美国驻印尼雅加达大使馆以及驻印尼泗水总领事馆因得到可靠的威胁情报而暂时关闭。
澳大利亚政府表示接到警告，说澳大利亚在东帝汶的设施有可能会受到恐怖袭击。菲律宾政府证实，由于一些基地恐怖主义组织支持的穆斯林极端主义者谋划攻击美国驻马尼拉大使馆，警方已处于高度警戒状态。
新加坡国防部高级官员表示，企图在东南亚地区建立穆斯林国家的极端穆斯林组织[伊斯兰教祈祷团]威胁新加坡这个东南亚岛国的安全。新加坡高级官员说，尽管新加坡政府去年12月逮捕了13名企图策划攻击包括美国在内的西方设施的恐怖分子，但是这个恐怖网络并没有完全被摧毁。他说，这些激进的穆斯林武装分子正在等待的时机，以对东南亚地区国家发动恐怖袭击。
* 贫困滋生恐怖主义 *
深受极端穆斯林组织阿布沙耶夫之苦的菲律宾总统阿罗约认为，恐怖主义的根源是贫困。她一方面希望美国政府在军事上帮助马尼拉铲除与本拉登基地恐怖主义组织有牵连的阿布杀耶夫，另一方面也在寻求华盛顿对菲律宾提供经济发展援助，改善该国民众、特别是穆斯林的经济现状。
澳大利亚国防大学东南亚问题专家西亚尔教授认为，贫困固然是恐怖主义根源之一，但是东南亚国家长期以来实行的边缘化政策使得很多对未来失去信心的人成为恐怖分子，认为那是摆脱困境的唯一出路。
西亚尔说：“贫困只是恐怖主义组织滋生的大环境。仅仅贫困不会使人成为恐怖主义者。政府政策把某些人边缘化，再加上他们在政治和宗教上出现新的认同， 才会一步步走上恐怖主义的道路。”
新加坡南洋理工大学国防与战略研究所的研究员陈天发博士认为，在过去几十年中，不少东南亚的穆斯林开始走上穆斯林原教旨主义的道路。他说：“很明显，东南亚地区的伊斯兰原教旨主义势力在不断抬头。在马来西亚和印度尼西亚，伊斯兰的象征到处都可以看到。当然，原教旨主义并没有什么危险， 但是这种宗教信仰却孕育了一小批极端主义者。”
* 原教旨伊斯兰鼓励极端主义 *
国防与战略研究所的另一位研究员拉玛克里斯纳博士也赞成这一观点。他说：“伊斯兰原教旨主义鼓励东南亚穆斯林社会中的一些人走上极端主义的道路。他们对世界观和圣战进行了极为狭隘的定义。”
西亚尔说，911事件发生之后，很多地区安全专家曾经担心基地恐怖主义组织可能会渗透到东南亚地区，然而这并没有发生。东南亚的绝大多数恐怖组织虽然多多少少与基地恐怖主义组织有联系，但是从运作上相对独立。西亚尔说，在一年的反恐斗争之后，类似于阿布沙耶夫这样的大型穆斯林武装组织已经受到重挫，然而要彻底铲除所有穆斯林极端主义组织还需要更多的时间。
西亚尔教授表示，美国尽管已经在东南亚开辟了全球反恐的第二战场，但是要极为注意在东南亚地区的反恐方式，否则有可能会事得其反。他说：“美国在这个地区涉足太多会带来负面效果。华盛顿必须要了解，反恐是一个多方面的行动，而不仅仅是军事上的行动。美国必须要继续鼓励这个地区的国家分享反恐情报，加强司法合作，只有这样才能更为有效地捣毁本地区恐怖主义组织的网络，清除极端主义势力。”
陈天发认为，美国应该了解东南亚穆斯林的心态，在外交与政治问题上采取更为谨慎的政策。他说：“在全球的反恐行动中，除非例如中东和伊拉克等一些基本问题得到妥善的解决，否则东南亚地区很难完全铲除极端穆斯林分子。这一地区反恐的下一阶段将是长期而艰巨的。”
