一些国家安全问题专家怀疑，美国新建的国土安全部是否能更好地保护美国免遭恐怖袭击。要使通过整合22个机构产生的国土安全部有效地工作可能需要几年的时间。
美国总统布什星期一签署的国土安全部法案生效，这是二次世界大战后创建国防部以来最大的一次政府部门改组。但是布什总统承认，华盛顿繁杂的官僚部门之间有时彼此扯皮是根深蒂固的问题，要改变这一点不容易。
BUSH: "TO SUCCEED IN THEIR MISSION ..."
布什说：“要想使得国土安全部成功运作，新部门领导人必须改变不同机构的工作方式。”
专家认为， 这将是最艰难的一步，将会出现一定程度的“混乱”。反恐专家利文斯通说：“可以说，国防部到现在也没有完全解决部门合并带来的所有问题。所以，国土安全部要全面开始运转还有一段时间。”
几个月来，即将合并的22个部门的官员一直就预算和责任问题以及自己在未来部门中的角色和地位争论不休。艾特肯是游说团体[国土安全工业协会]的主席。他说：“这将需要好几年的时间才能够完成。但是我们现在是一个没有设防的社会，而现在就需要加强安全工作。”艾特肯代表那些希望在新政府部门四百亿预算中获得合同的公司。他说：“传统上，联邦政府在国土安全方面的开销是每年五十亿美元，现在是开始而不是收尾。不会一夜之间就改变。我们还有很多工作要做。”
一些专家警告说， 并不需要成立一个新的部，只要对现有的部进行根本改变就行了，例如中央情报局。批评人士把没能防止去年恐怖主义袭击的责任归咎于中情局。前美国陆军情报人员阿拉德说：“中情局本身就是问题。中央情报局里面充满了那些拿了苏联问题硕士学位的白人。他们对于伊拉克一无所知，对基地组织一无所知，对于那些具有宗教基础的疯狂意识形态也一无所知。”
中央情报局和联邦调查局目前都处于反恐战争的前列，但是他们将不被并入国土安全部。
