中国时报星期四在头版刊登启事，表示在处理涉及陈水扁总统的消息时未及时向总统府查证，影响了国家元首的声誉，因此郑重向陈水扁总统表达诚挚的歉意。中国时报星期三以头版头条报导陈水扁总统收受政治献金后，总统府表示要采取法律行动，控告中国时报诽谤。
总统府公共事务室主任黄志芳表示，陈水扁总统认为可以接受中国时报的澄清，因此不再打算对中国时报提出法律告诉。黄志芳说：“媒体刊载指涉总统之不实报导，因为涉及国家元首之声誉，本府处理之立场完全本于就事论事，希望以严正的态度，澄清事实真相，但对此事之发生，仍然深表遗憾。”
* 陈水扁批媒体夸大 *
陈水扁总统在一项公开场合致词时表示，目前少数媒体处理新闻报导的过程令人忧心，许多不实的新闻报导不但对当事人造成难以弥补的伤害，也让社会付出极大的成本，民主价值也往往在少数媒体夸大不实报导当中受到灼伤。
中国时报总编辑黄清龙表示，中国时报报导的消息经过多方查证，唯独对陈水扁总统部份没有查证，中国时报表示歉意，但这不代表媒体对政治人物屈服和软弱，而总统控告媒体并非常态现象，也不是该走的路。他还说，总统府以强烈、情绪的声明指中国时报介入选举，成为政治的工具，中国时报不能接受，但对总统府的情绪，中国时报能够体谅。
* 亲民党批公权介入司法 *
对于中国时报的政治献金报导风波，亲民党主席宋楚瑜指出，总统要控告媒体世界罕见，事实上，政府一再以公权力介入司法，才令人感到痛心。他说：“用总统的权力来威胁媒体，媒体同样也要有查证的精神，其实，伤害的是人民对舆论的公正性，也伤害了司法的公正性，更产生疑虑的是，我们对整个民主机制的不信任感。”
受到报导波及的高雄市长谢长廷星期四暂停了选举活动，前来台北查帐。谢长廷表示，他来就是要查个水落石出，但是不可能立即有结果，因为有些步骤需要时间。谢长廷还说，对支持者很抱歉，因为国民党的市长参选人黄俊英正在高雄拜票扫街，他认为基本上国民党已经达到抹黑的目的了。
