面对美伊可能的战事以及东北亚情势的发展，台湾总统陈水扁星期四特别召开了国家安全高层会议，就台湾的因应之道提出具体腹案。
台湾总统陈水扁13号在总统府内召集各重要部会举行了国家安全高层会议，会中外交部除了对当前国际情势进行分析报告之外，也就未来国际情势可能的变化，提出了6项外交工作因应方针，包括了公开展现支持美国反恐决心，并与美国就相关情势保持密切联系，同时也获得美方多次重申不会牺牲台湾利益的承诺，对于北韩危机，要强化美日台安全合作的重要性，以及提醒世人重视中国导弹对台湾威胁的严重性。
*战事对台经济将有影响*
陈水扁总统在会中还指出，台湾身为美国坚定友邦，以及亚太地区的一员，有责任善尽亚太地区安定的义务，在对台海与亚太情势演变提高警觉时，也要以稳健负责的两岸政策做为主轴，担负起这项责任。
台湾行政院在会议报告中还评估，美伊可能爆发的战事，对台湾总体经济影响，将看战争时间的长短而定，如果战事能速战速决，则台湾内部和外部的经济将出现正面效益，但是如果战事超过3个月以上，将产生负面冲击，总统府发言人黄志芳说，则油价可能大幅上涨，全球经济衰退，我国可能会面临出口需求减缓，国内投资萎缩，甚至面临景气衰退的危机。
*学者建议不要摇旗呐喊*
台湾行政院副院长林信义在立院答询时表示，台湾政府支持美国的反恐行动，并不能解读成支持美国出兵攻打伊拉克。淡江大学战略研究所教授翁明贤认为，面对美伊可能的战事，台湾最好是维持中立的立场。翁明贤说：所谓中立就是不需要去摇旗呐喊，做好准备，多做一点，少说一点是比较好的态度来因应这场战争，因为基本上台湾不是联合国的会员国，面对这样的武力攻击，不论站在哪一边，都会影响国家整体的安全考量。
日前台湾立法院有 44 位不分党派的立委连署反对战争，他们认为台湾如果支持战争，到时台海如果发生战事，恐怕没有国家会声援台湾，而以战止战只会使伊拉克更走向民族主义，无法阻止恐怖行动。台湾反战的立委还表示，他们支持反战并不是支持萨达姆政权或是姑息恐怖主义，而是战争并不是解决问题的唯一答案，不过台湾目前有224位立委，也就是只有两成立委表态反战。
