在印尼旅游胜地巴厘岛发生恶性爆炸事件一周年之后，印尼在逮捕和起诉这个国家有史以来最严重的恐怖袭击案的直接涉案者方面受到赞扬。不过，一些分析家认为，印尼在打击恐怖主义威胁方面还有很长的路要走。
*爆案揭出伊斯兰祈祷团*
2002年10月12号发生在巴厘岛的造成两百零二人死亡的爆炸事件，使印尼认识到恐怖主义的问题。一个秘密的恐怖份子网络--伊斯兰祈祷团--被认定对这起、以及最近几年来发生在印尼和东南亚的其它几起爆炸事件负责。伊斯兰祈祷团据信是基地恐怖组织在这个地区的分支机构，他们试图在东南亚建立一个泛伊斯兰国家。很多追随者，包括巴厘岛爆炸事件的罪犯，都是东爪哇一个伊斯兰学校的学生。这个学校是印尼伊斯兰神职人员巴什尔创办的，他被控是伊斯兰祈祷团的精神领袖。
*缺乏打击恐怖集团战略*
印尼的邻国在巴厘岛爆炸事件之前就指出了伊斯兰祈祷团的存在，但是印尼并没有像其东南亚邻国新加坡和马来西亚那样迅速采取行动，印尼在打击这个恐怖团伙方面反应迟缓。批评家指出，尽管印尼在爆炸事件几个月内就成功地起诉了巴厘岛的炸弹爆炸事件的罪犯，但是，印尼缺乏系统打击这个恐怖集团的战略。
一个名为“国际危机集团”的组织发表的独立报告警告说，尽管伊斯兰祈祷团的大约两百多名成员被逮捕，其中包括象“汉巴利”这样的核心成员，但是，伊斯兰祈祷团的组织远远没有被消灭。“国际危机集团”发表的报告说，实际上，伊斯兰祈祷团比原先设想的更加庞大，更加复杂。
新加坡防务和战略研究所教授安德鲁-谭说，印尼面临很大的挑战。他说，“让我们回顾一下。10月12 号之前，印尼非常明显地试图回避恐怖主义的问题。印尼在这个问题上走了很长一段路。不过，目前仍然有不足之处。伊斯兰祈祷团的广泛性和危险性比我们预想的要大的多。显然，绝大多数伊斯兰祈祷团的成员仍然逍遥法外。”
尽管印尼起诉了从事恐怖活动伊斯兰祈祷团的成员，但是这个组织仍然可以合法存在，而且可以获得资金，资金来源主要是伊斯兰慈善事业。
古纳拉特纳是“基地内部”一书的作者。他认为印尼对伊斯兰祈祷团的政策是有缺陷的。他说，“印尼对待伊斯兰祈祷团的方式使得这个组织能够生存，而且可以从事恐怖活动。反恐不能只针对个别领导人。打击恐怖主义应该首先识别并且确认恐怖分子的组织结构，然后摧毁他们的宣传机器，断绝他们的资金来源，使其无法招募新人，无法购买必需品。还要切断他们的交通，摧毁安全庇护所等基础设施。”
*印尼在反恐面临复杂挑战*
印尼是世界上最大的穆斯林国家。很多人相信，以美国为首的世界范围内的反恐斗争把矛头错误地聚焦到穆斯林身上。分析家认为，这使得至今没有展示出领导才华的梅加瓦蒂总统必须更加小心翼翼地在政治，宗教和外交利益的夹缝间走钢丝。对宗教极端组织采取强硬路线会导致民众对政府的反感，从而使梅加瓦蒂的政府在明年四月的大选中处于不利的地位。梅加瓦蒂总统本人还面临来自内阁内部的压力，特别是伊斯兰保守派副总统哈兹，他公开抨击西方的反恐斗争。
澳大利亚迪金大学印尼问题专家巴登说，印尼政府应该在政治上表现得更加强硬。他说，“问题在于印尼政府落在民众的后面，而不是在前面引导民众。政府从民众的情感中得到暗示，从来没有一丝胆量敢于站在民众面前说他们是错误的。这是我们面临的一个实际问题。”
反恐专家古纳拉特纳警告说，伊斯兰祈祷团一定会再次发动袭击，只是时间问题。他说，“袭击可能会发生，从而迫使印尼领导人更果断地做出反应。”
今年八月雅加达市中心的万豪酒店发生了一起汽车炸弹爆炸事件，造成十二人丧生。伊斯兰祈祷团据信对这起爆炸事件负责，这一血案再次使人看到恐怖分子的危险。印尼警方这个月说，他们正在搜捕几个涉嫌正在策划新的恐怖袭击的人，这也突出表明伊斯兰祈祷团继续构成威胁。
