台湾通过公投法之后，执政党和在野党继续就此进行选举政治角力，陈水扁总统指出，根据公投法第17条“防御性公投”，总统可以在台湾遭受外力威胁，主权有可能遭到危害的时候，就台湾安全发动公投，只经行政院通过，不需要立法院同意，所以，他将在明年总统大选同时举办公投。另一方面，国民党主席连战也提出将在明年总统大选进行民生和经济议题的公投，包括族群和解公投、债留子孙公投、教改公投、全民健保涨价等公投，以及高雄自由贸易港直航公投。
陈水扁星期五晚间表示，通过公投法之后，虽然他不大满意，但是由于执政党在立法院是少数，所提出的公投立法竟然获得通过，显示少数意见被多数接受，无疑是踏出公投立法的最大突破。他说，未来公投之路还有不少障碍，但是他深信，绝对可以克服障碍，逐渐清除反改革的力量。
接着，陈水扁总统星期六继续在一个公开场合强调，根据公投法第17条“防御性公投”，总统可以在台湾遭受外力威胁、主权有可能遭到危害的时候，就台湾安全发动公投，只经行政院通过，不需要立法院同意。他说：“为了捍卫台湾主权，不能受到任何外力威胁，也不能受到任何改变，大家不要担心，明年的3 月20 号(总统大选)，我们仍然可以进行公民投票。”
*马英九指防御公投定义不清*
不过，已经接下在野党泛蓝阵营竞选总干事的台北市长马英九则指出，公投法当中的第17条“防御性公投”提到，当台湾的主权和安全遭到外力威胁时，可以发动公投，但是目前对于外力威胁到达什么样的程度可以发动公投，仍然定义不清楚。他说：“防御性公投的条文，是民进党坚持要列入的，泛蓝联盟也没有阻挡，但是，凭良心讲，大部份的人都不了解它的内容是什么意思，如果国家主权真的遭到威胁的时候，那种紧急的情况，我们应该备战还是举办公投，大家也不是很了解，所以，也许将来要运用这个条文的人，应该先跟大家解释清楚。”
另一方面，国民党主席连战也提出将在明年总统大选进行民生和经济议题的公投，包括族群和解、债留子孙、教育改革、全民健保涨价等公投，以及高雄自由贸易港直航公投。
*民进党考虑对公投法提出覆议*
民进党立法院党团干事长陈其迈表示，行政院是否对公投法提出覆议案，将在下周一决定，但是不管覆议与否，明年总统大选举办公投势在必行，民进党将多管齐下，由人民或总统发动。
亲民党方面则批评，民进党打算提公投覆议案是在搞民粹，只会突显民进党的自相矛盾，不敢支持同党立委蔡同荣的统独条款，剥夺人民直接民权的权利，更可以看出行政院是民进党的行政院，如果真的提出覆议案，陈水扁总统要负一切责任。
台湾副总统吕秀莲日前建议，公投法如果在实行上有缺失和不足，未来可以修正检讨，也许可以透过明年年底立法委员选举时推动修法共识，由下届立委经由成熟、理性和冷静的方式来修法。
