埃及政治反对派对总统穆巴拉克高票当选提出质疑。已经连续当权24年的穆巴拉克赢得这次选举，将再执政6年。这是埃及第一次举行有多名候选人参加的总统选举。官方的选举委员会说，这次选举的投票率很低，不到3200万选民的四分之一，不过，77岁的穆巴拉克总统拿下了88%的选票。
穆巴拉克的反对派声称选举存在严重缺陷。位居第二但是远远落在穆巴拉克后面的“明天党”领袖艾曼.努尔说，他要争取让这次选举的结果无效。得票第三的“新华夫脱党”主席努尔曼.克马指责政府篡改选举结果。独立监督人员和西方媒体都说，这次选举弊端重重，但是埃及选举委员会拒绝了反对派提出的重新投票的要求。
