世界卫生组织把台湾和中国列为出现禽流感疫情的同一地区，引发台湾方面的不满。官员们表示，台湾迄今没有发现任何疫情，世界卫生组织是根据“一个中国”原则才把台湾和大陆划在一起的。不过世界卫生组织官员认为，台湾有一般性禽流感案例，世卫组织的作法符合联合国的有关决议。
*世卫公布全球禽流感疫情示意图*
世界卫生组织在网上公布了全球禽流感疫情示意图，其中在禽鸟类感染方面，中国大陆和台湾同样被列为红色地区，表明“有家禽感染案例”.在人员感染的地图上，台湾和大陆也同样被划入黄色地区，表示“有人员感染但无确定病例”。
这些统计资料引发台湾各界的强烈不满，卫生、农业、观光和外交方面的官员纷纷出面表示，台湾迄今没有发生任何禽鸟和人员感染疫情的案例，世界卫生组织完全是依据“一个中国”的原则，把台湾和大陆混为一谈。
台湾卫生署长侯胜茂星期五在立法院接受质询时说，中国是世界卫生组织的成员国，台湾却不是，中国迫使世界卫生组织把台湾当成它的一个省。有民进党立委非常气愤，他们呼吁台湾人民一人一信，向世界卫生组织表达抗议。
*台官员指一中原则引发混乱*
台湾卫生署国际合作处处长张武修在接受记者采访时说，发生这种错误的主要原因首先是世界卫生组织对台湾不了解，其次是一个中国的原则引发混乱：
“他们以为，联合国把台湾视为中国大陆的一部分，那么中国大陆一旦有疫区，整个台湾也会放在疫区里面，这是政治地理方面的偏见，以为中国发生什么，台湾都会发生。”
张武修说，台湾在2004年确实在禽鸟中发现了H5N1型病毒，但是那些禽鸟是从中国大陆走私过来的，在海上就被截获，并没有进入流通或销售渠道，因此并没有病毒传染和扩散的问题。张武修强调，世界卫生组织不了解台湾的实际情况。
*台外交部要求世卫修改资料*
台湾外交部已经就世界卫生组织网站上公布的资料向世卫组织日内瓦总部提出正式抗议，要求修改资料。外交部长黄志芳说：“世界卫生组织是联合国体系中的一环，所以有可能是遵照联合国体系的做法。国际间所认知的一中原则不可否认地确实会造成这些国际组织承办人员的困惑。”
台湾外交部表示，如果台湾被认为是禽流感传染区，将对台湾的贸易、旅游、社会乃至国际形象造成很大的负面影响。
世界卫生组织西太平洋办事处主任柯丁利在接受记者采访时说，台湾没有发现H5N1型病毒，但是根据世界卫生组织的资料，在台湾的禽鸟中发现有感染禽流感的案例，不过这种普通禽流感的病毒不象H5N1型病毒那样严重。
*世卫：地图反映联合国政策*
针对台湾政府指责世界贸易组织的一个中国政策，柯丁利表示，联合国组织必须遵守联合国决议。他说：这和世界卫生组织无关，世卫组织是联合国机构，联合国大会把台湾视为中国的一部分，我们必须遵守联合国大会的决议，世界卫生组织网站上公布的地图反映了联合国的政策。”
柯丁利说，世界卫生组织公布这些地图时非常谨慎，避免做出任何具体的政治评论，因为许多地区都有领土争执问题。但是他强调，这些地图符合联合国决议。
