平壤在沉默了几天后，对一艘来历不明的船只被日本击沉以及东京方面有关这艘船有可能是北韩间谍船的声明进行了抨击。朝鲜官方的[朝中社]和短波电台[朝鲜之声]谴责日本不加区别地在东海对来历不明的船只开火并将之击沉。北韩说，日本的行为是现代武士道恐怖分子犯下的罪行。
日本首相小泉纯一朗称日本海上保卫厅向这艘排水量为一百吨的船只开火是合法自卫行为。小泉纯一朗在对平壤的声明发表评论时显得不知说什么好。他对记者说，他真的不知道如何回应，但是他猜想北韩在这件事上会信口开河。小泉纯一朗政府的首席发言人福田星期四则更加直言不讳。他对北韩方面使用粗暴的海盗行为以及把这一事件和恐怖主义相提并论对讨论国际关注的问题是否恰当表示置疑。福田说，以如此粗鲁的方式提出批评是不恰当的。
日本海上保卫厅说，目前有十几艘巡逻船仍在对这艘来历不明的船只下沉的海域进行搜索。日本星期六在日本海发现这艘船后曾设法阻拦这艘船。这艘船试图逃走，并向想日本巡逻船开火，日本巡逻船予以还击。经过几个小时的追捕，这艘来历不明的船只下沉，现在还不清楚这艘船是因为日本海上保卫厅开火后造成的破坏而下沉、还是因为船员采取了沉船行动。日本海上保卫厅说，它找到了两具尸体和100多件残骸，并且说，一些物品印有朝鲜语。