欧盟观察家说，巴基斯坦政府介入了选举过程，导致严重的舞弊。巴基斯坦政府否认这个说法。
欧盟观察团主席库什纳汗说，巴基斯坦政府为选举设立的条件，并没有创造出一个适合民主投票的气氛。他说，选举委员会偏袒政府的候选人，把国家的经费拨给亲政府的政党，并且限制政党的竞选时间。
库什纳汗还批评巴基斯坦政府运用国家电视台和广播来推销政府的观点。库什纳汗说：“举行一次一般性的选举并不保证民主的建立。任何权力的滥用，不管是为了金钱还是为了其他利益，都应该通过坚定而公正的执法行动来解决，而不是通过对选举安排和民主程序的不正当干预来解决。遗憾的是，巴基斯坦当局采取了导致选举过程出现严重缺陷的行动。”
巴基斯坦政府否认这种批评。目前正在土耳其访问的巴基斯坦副外长说，这次的选举是公正、自由和透明的。一位巴基斯坦选举委员会发言人也驳斥了欧盟的这个说法，表示选举的相关安排十分出色。
*批评穆沙拉夫修宪行动*
欧盟观察团主席批评穆沙拉夫总统在投票几个星期前进行的修宪行动。这次修宪给予总统解散议会的权力，并且透过一个新的国家安全会议，让军方在政治上扮演更重要的角色。
库什纳汗说，对于把实际权力转移给被选出的政府，他的观察团抱持保留的立场。库什纳汗说：“增加给总统和国家安全会议的权力，令人怀疑这种安排最终能否落实。”
在这次选举中，新成立的、效忠穆沙拉夫总统的政党[巴基斯坦穆斯林联盟]已经成为一股最强的政治力量。在总数有342席次的国家议会里，这个政党赢得77个席位。前总理布托的政党居第二，拥有63个席位。