台湾星期六的选举和公民投票结果，迅速引起日本官民的反应和议论。
*增加中台摩擦和日本外交麻烦*
被认为亲中的日本《朝日新闻》星期天引述政府外务省官员的看法说，台湾总统陈水扁为了选举实施的公民投票，制造了紧张的中台关系，陈水扁连任，可能进一步增加与中国的摩擦，使日本被迫面临外交麻烦。被认为亲台的《产经新闻》星期天也说，围绕公民投票和台湾制宪，日本外务省对台湾陈水扁政权不满的裂痕需要陈水扁修复。
*吁中台冷静接受选举结果*
大部份日本传媒星期天都认为，选举结果显示的微弱票差，说明台湾星期五发生的枪击事件影响了选举结果，但同时也认为选举结果还是反映了台湾选民自主的强烈愿望。传媒一致呼吁中台双方和台湾各界冷静接受选举的结果，包括《朝日新闻》在内的传媒都认为中国应尊重台湾人民的选择，《朝日新闻》甚至呼吁中国发挥宽容之心，让台湾加入世界卫生组织。
*选民对刺激中国行动敲响警钟*
不过《朝日新闻》也说，公民投票不能成立，是台湾选民对陈水扁政权急切的刺激中国行动敲响的警钟。另一方面，《产经新闻》星期天的《主张》说，陈水扁第二期政权最大的课题是与中国改善关系。《主张》说，中国不是没有与民进党改善关系的愿望，希望陈水扁慎重应对。
*与美日法修复公投产生的非和谐关系*
《产经新闻》认为，陈水扁政权需要与美国日本和法国修复因坚持公民投票产生的非和谐关系。希望陈水扁在北韩危机和国际恐怖活动威胁的国际政治环境中，施展巧妙的成熟外交。
日本销量最大的报纸《读卖新闻》星期天的社论说，虽然陈水扁获胜，但不应无视接近半数的国民党候选人连战的支持者。《读卖新闻》说，维持现在实际上独立的现状，与中国构筑安定的关系是台湾居民的共同想法，陈水扁应重开与中国中断的对话，充份尊重民意，舒缓紧张的局势。