星期五，日本政府正式表示，日本认为星期三侵入日本南部冲绳附近领海的潜艇属于中国海军。这次潜艇进入日本领海事件，发生在日中两国之间敏感的地点和敏感的时刻。
*仔细判定后日政府提出抗议*
日本政府和中国政府迄今为止对潜艇入侵日本领海事件的反应，显示出双方都对这个问题感到十分敏感。虽然日本在星期三发现有潜艇侵入日本冲绳附近的领海，并且从一开始就怀疑潜艇是来自中国，但是，直到星期四，也就是在日本已经相当有把握地确定潜艇属于中国海军之后，日本官方对外的正式立场依然是潜艇“国籍不明”。
与此同时，中国政府控制的大众传播媒介对这一消息几乎没有任何报道。中国外交部发言人星期四则表示，对所谓的星期三在日本领海发现被怀疑是属于中国的潜艇一事，中国毫无所知。
星期五下午，日本政府正式表示，日本判定属于中国海军的核动力潜艇入侵了日本领海。日本外相町村傍晚在外务省召见了中国驻日本公使程永华，就此提出了抗议。
*三种情况可能导致日中冲突*
星期三，在日本发现潜艇入侵日本领海之后，日本防卫厅启动海上警卫行动机制，对潜艇进行了海上和空中监视追踪。这是日本五年来头一次启动这一机制。日本方面最初是在位于日中两国之间争议海域内的一处海上天然气钻探设施附近发现那艘潜艇的。
在潜艇离开日本海域向中国方向驶去，日本方面认为潜艇不会再度返回日本之后，日本防卫厅在星期五下午解除了海上警备行动。到目前为止，中国方面对日本所说的中国潜艇入侵日本领海的事件，既没有承认也没有否认。
在这次潜艇入侵日本领海事件发生之前，日本报界透露了日本政府的一项内部报告，报告认为，中国可能在三种情况下跟日本发生冲突。一种情况是台湾海峡出现战争，中国攻打日本的军事设施，以阻止驻日美军援助台湾。
再一种情况是中国当局为了转移国内人民对共产党政权的不满，动用武力夺取日中之间争议的岛屿，也就是日本所说的尖阁列岛，中国所说的钓鱼岛群岛。
还有一种情况是中国会动用军事力量夺取东海海域日中有争议的可能蕴藏油气资源的海域。
*中国指责日本冷战思维*
中国政府对此表示，日本政府的这个报告显示出别的冷战思维。但是，日本主要的报纸《读卖新闻》发表社论说：“假如这次入侵领海事件确实是中国潜艇所为，便是清楚地显示了中国正在日本周边地区构成对日本的真正威胁。”