据报导，美国司法部一份没有公开的机密文件显示，在有关美籍华裔科学家李文和案的调查过程中，美国联邦调查局，尤其是直接经办人员在操作、判断以及协调上的失误，比先前所报导的还要多。司法部的报告指出，美国未来反间谍案的办理，完全不能沿袭李文和案的经办模式。
美国>星期一报导了所获美国司法部一份秘密报告的相关内容。报告中有一章166页的内容，涉及了对华裔美国科学家李文和案经办过程的教训评估。司法部的评估计显示，美国联邦调查局在李文和案的调查过程中，所犯错误要比过去有关官员所承认的还要多。 >的报导说，司法部秘密报告列举了联邦调查局人员在调查过程的一系列失误，以及判断和推测上的问题。不仅如此，联邦调查局设在首都华盛顿总部的上级主管人员，也没有能够及时纠正这些错误，保证调查沿着正确的方向进行。*具体办案人员执意孤行*
>引述司法部报告的内容说，李文和案的有关人员没有向联邦调查局局长详细介绍办案中出现的一系列问题，比如，对所涉嫌机密丢失的严重程度，美国政府有关部门专家意见并不一致，但是这种分歧意见没能及时向联邦调查局长本人汇报。 >所具体介绍的司法部秘密报告内容显示，联邦调查局下级人员在调查办案中似乎在执意孤行。他们不及时阅读上级指示，甚至对上级有关指示出言不逊。报导显示，设在新墨西哥州的联邦调查局人员，忽视了总部负责官员1997年12月间的一项命令，那就是，调查不能只局限在李文和夫妇两人身上。司法部这份报告的引述起草人的话说，如果李文和是间谍，那么可以说，联邦调查局让其逃之夭夭了；如果李文和不是间谍，那么联邦调查局则丧失了考虑其他可能性的很多机会。或许，中国人根本就没有获得过美国的核武机密。
报导显示，美国司法部这份报告似乎着重从反面总结李文和案的办案经验。报告指出，调查过程中的一系列问题说明，今后在重要的反间谍案上，从案件管理到案件调查和操作，完全不能效仿李文和案的经验来做。
