日本相信中国加入世界贸易组织，对日本利大于弊，所以始终持支持的立场。不过今年以来中日之间的贸易纠纷，显示出日本在贸易问题上存在的隐患。目前在萧条的日本市场，大量的商品与购买欲已不成正比。中国的廉价产品侵袭，更使大部份日本生产的食用品更加无人问津。日本今年5月对部份中国农产品发动了暂定贸易保护措施。由于日本消费者不满、企业谴责、汽车业遭中国报复等等原因，日本政府决定11月8号以后不发动正式的贸易保护措施，改以谈判方式与中国解决贸易纠纷。不过越来越多日本人相信，谈判也扭转不了中国产品在日本增加的趋势。日本总合研究开发机构东亚研究会委员庚欣认为，中国加入世界贸易组织后，与日本在国际上的机会均等了，日本可能进一步失去优势。
日本经济产业省属下的经济产业研究所高级研究员关志雄认为，中日经济关系是互补的关系，日本的经济问题是本身经济结构转型的隐患，中国加入世贸只不过可能促使日本加快爆发这种隐患。他说，未来十几年，中国和日本应该是互补的经济关系，日本应着眼发展高科技产业，中国则在传统的劳动密集型产业方面仍有发展空间。他说，怎样把重点从不能与中国竞争的衰退产业转移到高科技产业，是日本政府要搞的经济结构、产业结构改革，中国是否加入世贸，这个问题都存在，但中国加入世贸促使日本必须加快改革的速度。
** 自由贸易必然趋势 **
开放市场、自由贸易是全球经济未来的必然趋势，日本从最近在文莱召开的东盟和中日韩三国首脑会议上，中国和东盟达成10内缔结自由贸易的目标中，再次深刻理解了这个形势。过去也赞成发动贸易保护措施抵抗中国农产品的经济产业大臣平沼纠夫在文莱会议后说，日本必须检讨以跟上形势。他说，日本关注到中国和东盟的协议，认为日本也很值得检讨与东盟国家的自由贸易关系，这是国际经济一体化的趋势。
日本的舆论说，在中国加入世贸前夕，中国与东盟国家达成的自由贸易目标后，韩国也正在加快步伐跟上，只剩下日本在迟缓的经济结构改革和不安定的政局中孤独。
