美国联邦调查局人员继续在阿富汗讯问被俘虏的基地恐怖分子。他们在收集资料准备用于今后几个星期对涉嫌的恐怖分子进行审讯。准备对恐怖分子起诉的检察官有很多法律手段。
从美国联邦法院到国防部设立的军事法庭，都可以审讯被控从事恐怖主义的非美国公民。此外，一些基地恐怖分子可以在他们自己的国家或者联合国设立的国际法庭接受审讯。
法律专家说，基地组织的恐怖分子和塔利班高级成员，将是军事法庭审讯的首要罪犯。至于什么人将接受军法审讯，布什总统将做最后决定。军事法庭也称为“军事委员会”。军事委员会的证据法则和举证责任都有利于检方。
在克林顿政府时期，谢弗曾担任美国驻战争罪行法庭无任所大使。谢弗说：“我认为，在阿富汗，巴基斯坦或那一带地区抓到的基地网络恐怖头目，可以成为军事委员会审讯的要犯。他们可能是主谋者而非实际在地面进行恐怖袭击的人。军事委员会对他们进行审讯，将是最适当，也是最有可能的。”
不过，谢弗大使还认为，很多涉嫌恐怖分子将在美国联邦法院制度下接受审讯。特别是那些在九月十一号袭击纽约和华盛顿以前已经因恐怖袭击而被起诉但仍旧在逃的恐怖分子。
支持军事法庭的人士认为，在美国联邦法院审讯恐怖分子，将会使陪审员害怕恐怖分子的威胁，而且也会泄露提供关键证据的美国情报来源。
美国检察人员还担心，在联邦法院审判的话，将恐怖分子判处死刑很困难。副助理司法部长于约翰说，因此美国官员赞成军事法庭审讯 ：“我认为，从政治方面来看，能够对那些恐怖分子使用死刑对美国来讲是很重要的。”
不过，即使在军事法庭，罪犯嫌疑人也有权请律师。不过目前还不清楚，万一被判有罪，他们是否具有上诉权。
菲德尔是华盛顿一名律师兼国立军法研究所所长。他说，有很多律师愿意为被控从事恐怖行动的人进行辩护，尽管这种工作不受欢迎。菲德尔说：“我知道很多律师是刑事辩护律师也是预备军官。他们 现在都拿出长期不用的法律书籍，跃跃欲试。还有人愿意接办这些案件，为被控恐怖分子进行辩护。这些可能是美国有史以来最不受人欢迎的辩护案件了。”
国防部目前正在拟定军事法庭的规则。这一过程将在短期内完成。
