台湾总统陈水扁在答覆美国保护记者协会的信中表示，政党轮替无法立即改变国家安全管理机制长期积累的结构性弊端，但是这并不影响政府建立制度化监督机制以及人权立国、保护新闻言论自由的决心。
他说，自己曾经因为出版杂志而被判刑入狱，因此一直相信新闻自由是不容置疑而且不可缺少的人权。他表示要敦请立法院通过国际人权法典，成立国家人权委员会，在维护国家安全的同时努力保障新闻的自由。美国保护记者协会在写给陈水扁的信中，对台湾的新闻自由表示了关切，其中涉及副总统吕秀莲与新闻周刊的官司，壹周刊遭到暴力分子侵扰，以及一名军官因泄密遭判刑等问题。
