台湾《联合晚报》报导，台湾国防部公布的「宪兵甄选实施计画」中将同性恋与刑事犯、大陆来台役男、参与组织犯罪者和吸毒者一同列为安全上有顾虑的对象，将同性恋与烟毒犯、刑事犯、暴力犯视为同类，排除同性恋担任宪兵的勤务。这个消息引起同性恋团体的不满，二十多个团体前往国防部递交陈情书表示抗议。
同性恋谘询热线的负责人客飞说，陈水扁总统是第一位接见同性恋代表的元首，但是军方却出现如此歧视性的规定，这是言行不一。他说：“我想任何的宣誓，如果没有具体的法律条文，甚至更讽刺的不积极保障人权，不积极去防止歧视，还出现了歧视的条文，这不是一个开倒车的现象吗？”
* 陈水扁强调弱势团体权益 *
陈水扁就任总统后表示要格外注重弱势团体权益的照顾。台湾前行政院长张俊雄今年年初卸任前一天还公布了台湾政府的第一份人权政策白皮书。当时张俊雄为少数同性恋团体的人权特别提出说明。张俊雄说，在性别认同的人权部份，包括确定没有歧视性的公平待遇原则，在教育权、工作权上都不能因为性倾向或性别认同而有不同的待遇。
国民党立委关沃暖在立法院质询国防部长汤耀明，认为宪兵司令部的决定有侵犯人权的嫌疑。汤耀明表示，他已下令不准有这样的规定。汤曜明还指出，国防部对同性恋的处理，从1994年起，已经不再将同性恋视为疾病或精神方面的疾病，也一律要服兵役，过去限制同性恋当宪兵，是为了维护非同性恋者的安全。汤曜明说，宪兵一般是小单位驻防在外，六个人住在一个据点之内，国防部对军中各种人都要维护他们的安全。
对于同性恋是否能当宪兵所引发的争议，民进党立法院党团干事长王拓指出，国防部基于宪兵是军队警察，要维护军队纪律，加上宪兵都是男性，一旦同性恋之间发生恋情，会让国防部很头痛。不过，他认为现在社会对同性恋看法有所改变，这是台湾社会民主多元化的进步现象，因此希望国防部能体察世界潮流的趋势。
